Babesia canis ist eine relative große Babesienart die weltweit vorkommt. Man unterscheidet heute drei Unterarten, die sich hinsichtlich ihrer DNA und ihres Vektors, aber nicht morphologisch unterscheiden:

- Babesia canis canis: Überträger ist die Auwaldzecke (Dermacentor reticularis), die sich mittlerweile in ganz Mitteleuropa ausgebreitet hat. Diese Babesien-Unterart ist im deutschsprachigen Raum am häufigsten für Erkrankungen bei Hunden verantwortlich. Ursprünglich nur in Nordafrika, Nord- und Mittelitalien, Frankreich und im südlichen Teil Ungarns und Österreichs vorkommend, gibt es mittlerweile Naturherde in Deutschland, der Schweiz, Holland und Polen. Der Erreger ist stark krankheitsauslösend.
- Babesia canis vogeli: Überträger ist die Braune Hundezecke (Rhipicephalus sanguineus). Infektionen mit diesem Erreger sind in Mitteleuropa selten und verlaufen mild. Verbreitet ist B. c. vogeli in Nordafrika, dem Mittelmeerraum und Frankreich.
- Babesia canis rossi wird durch Haemaphysalis leachi verbreitet und kommt nur in Afrika südlich der Sahara vor. Der Erreger ist stark krankheitsauslösend.