Cystatin C ist ein sehr kleines Protein und wird in nahezu allen kernhaltigen Körperzellen relativ konstant gebildet. Die Produktion wird nur durch wenige extrarenale Faktoren beeinflusst. Erhöhte Werte findet man bei Tieren mit Hyperthyreose (Schilddrüsenüberfuntkion) oder mit hochdosierten Glukokortikoidgaben behandelten. Eine Reduktion der Bildungsrate durch konsumierende Erkrankungen findet nicht statt. Postprandial kann Cystatin C stark abfallen und bis zu neun Stunden erniedrigt bleiben.
Cystatin C wird in den Glomeruli vollständig filtriert. Beim Menschen wird es zur Nierenfunktionsdiagnostik im sogenannten Kreatininblinden Bereich eingesetzt, da schon bei moderaten Einschränkungen der glomerulären Filtrationsrate erhöhte Werte messbar sind. Bei Hunden scheint es eine ähnlich diagnostische Qualität zu geben, für die Katze gibt es derzeit keine Studien.